Un audit d'initiative nationale, concernant la prise en compte du développement durable dans les services du MEEDDAT a été engagé à l'automne 2008, à une période riche en changements au sein des services de l'État, en particulier de ceux du MEEDDAT. Les objectifs de l'audit visent principalement à disposer d'une première photographie d'ensemble des futurs services régionaux et départementaux, à connaître la réalité de ces services, en termes de moyens, de compétences, de forces et faiblesses, à identifier les principales difficultés auxquelles ils sont confrontés et à pressentir celles qu'ils devront affronter.
La Mission d'Inspection Générale Territoriale du Conseil Général de l'Environnement et du Développement Durable (MIGT 10-Lyon) a été chargée d'auditer les services des régions Rhône-Alpes et Auvergne et a sélectionné 7 opérations novatrices ou porteuses d'enseignement dont les fiches descriptives sont publiées par le CERTU.
Ces fiches sont :

1.  Le bilan carbone de la DDE du Rhône ;
2.  Le pôle bois de Noirétable ;
3.  Le projet de sentier des gorges de la Loire en Roannais ;
4.  Le plan de protection de l'atmosphère de l'agglomération lyonnaise ;
5.  Quel urbanisme autour des gares ? ;
6.   Prise en compte du développement durable et de la qualité environnementale dans le logement social ;
7.   Transports exceptionnels et intermodalité : une démarche de progrès.